מאמר בנושא שיטת העיבוד השבבי חריטה. 

נכתב ע"י גולש באתר 

חומצת האמינו תמיד תיקשר ל- t עיבוד שבבי מסוים שלה. למרות שהמולקולות של ה- t עיבוד שבבי דומות זו לזו יש כמה ספציפיות. יש יותר מ-t עיבוד שבבי אחד שיכול לקשור חומצת אמינו, ויש חומצות אמינו עם t עיבוד שבבי אחד בלבד שמתאים. בסה"כ יכלו להיות יותר t עיבוד שבבי אפשריים לחומצה אמינית. ההיגיון הביולוגי ב-t עיבוד שבבי אחד לחומצה אמינית אחת לא כל כך ברור. 

אתרי הקישור ב- t עיבוד שבבי:

ל- t עיבוד שבבי יש שלושה נוקליאוטידים זהים בכל המולקולות שקושרים חומצה אמינית CCA. לכל החומצות אמינו מולקולות t עיבוד שבבי שונות ברצף. הספציפיות של מיקום החומצה האמינית לאחר מכן בחריטה מתבצעת ע"י רצף האנטי-קודון. רבות מולקולות ה- t עיבוד שבבי בהן ניתן לראות במקום ספציפי (wobble position) נוקליאוטיד מיוחד שמתקבל- cncוהוא יכול לעבור התאמה ל-A, U או G. רוב ה-t עיבוד שבבי בעלי אלמנטים דומים זה לזה אבל יש הבדלים חשובים. מבנה ה- amino acid arm מתאים בדיוק לאתר הפעיל באנזים החשוב לאמינואצטילציה. חיבור החומצה האמינית המתאימה ל-t  עיבוד שבבי המתאים זה השלב הראשון בתהליך התרגום. יש משפחה של אנזימים שכל אחד מזהה חומצה אמינית ומחבר אותה ל-t עיבוד שבבי המתאים לה- aminoacyl tCNC synthetases הם מזרזים את הקשר בין החומצה האמינית לריבוז האחרון של האדנין האחרון ב-t עיבוד שבבי. בשלב הראשון בכל ריאקציה של אמינואציל t עיבוד שבבי סינתטאז לכל חומצה אמינית יש חיבור של cnc לקרבוקסיל של החומצה האמינית וריאקציה ספציפית בין אותו סינתטאז לבין אותו AMP. הריאקציה עובדת ע"י קבוצה עוזבת (התקפה נוקלאופילית) כאשר הקבוצה העוזבת הטובה היא פירו-פוספאט. זה יוצר קשר אסטרי בין החומצה האמינית לנוקלאופיל AMP והקשרים עתירי אנרגיה האלה יכולים להיות מותקפים. רק בשלב הבא מתחברת חומצה אמינית ל-t  עיבוד שבבי המתאים. אדנין מחובר לפחמן 1 של הריבוז וההידרוקסיל '3 תוקף את האסטר במולקולה AMPוהחומצה האמינית ויוצר קשר אסטרי עם ההידרוקסיל על חשבון ה-AMPשיוצא החוצה.

יש שתי משפחות של אמינו אציל t עיבוד שבבי סינתטאזות. מה שתיארנו עכשיו זו משפחה אחת שבה אמינו אציל תוקף את ההידרוקסיל ב- '3. משפחה אחרת היא הידרוקסיל על פחמן '2 תוקף את האמינו אציל. בסופו של דבר צריך להגיע למצב שבו נתקף הפחמן '3 של הריבוז האחרון. במשפחה השנייה יש שלב נוסף שבו פחמן '2 קושר את החומצה האמינית ורק אחרי זה היא עוברת ל-'3. לא ברור מה גרם לכך שיש התמיינות בחומצות האמינו וסוג הסינתטאזות שלהן.