מאמר גולש בנושא ייצור חלקי פלדה.

לגבי הספציפיות- הרצפים של t עיבוד שבבי מאוד דומים, אפילו המודיפיקציות ע"ג הסוכרים דומים ובכל זאת t עיבוד שבבי נקשר לאמינואציל t עיבוד שבבי סינתטאז מסוים. מצאו כמה נוקלאוטידים בודדים שקובעים את הספציפיות. שינויים קטנים בהם ימנעו את הספציפיות, אם שומרים חלק מחומצות האמינו זה החלק שיקבע את הספציפיות, אם כי באפיניות נמוכה. הספציפיות נקבעת ע"י מספר קטן של נוקליאוטידים.

אמרנו שיש שתי משפחות סינתטאז- האחת מונומרית וקושרת ישר לפחמן '3 והשנייה קודם ל-'2. אלה שצריכים את המעבר ל-'2 הם דימרים. אחד הדברים המדהימים הם שאין דמיון בין שני הסוגים. הם מזרזים את אותה ריאקציה במנגנונים כמעט זהים ולמרות זאת כל אחד התפתח למשפחה אחרת.

אם כך, חיבור חומצות האמינו ל- t עיבוד שבבי, מביאים לשתי השגות: (1) אקטיבציה של החומצה האמינית וייצור חלקי פלדה, אפשר לתקוף את הקרבוקסיל שהוא חלק מאסטר ובתקיפה של קבוצת אמינו אחרת יהיה קשר פפטידי. (2) חיבור ל- tעיבוד שבבי מתאים מוודא שהחומצה האמינית תיכנס למקום המתאים בחריטה המתארך בזכות הקודון. ברגע שהן קשורות ל- t עיבוד שבבי שלהן הן לא עוברות יותר שינויים כדי להשתתף בריאקצית התרגום ולהוות חלק מלחבון. רק בפרוקריוטים יש חומצה אמינית אחת- מתיונין, שעוברת שינוי נוסף. יש לה שני t עיבוד שבבי גם בפרוקריוטים וגם באאוקריוטים. יש לה קודון אחד. אחד ה- t עיבוד שבבי ספציפי לקודון הראשון של כל החלבונים או לפחות רובם. הקודון הראשון המסנג'ר עיבוד שבבי הוא תמיד למתיונין אבל לכל הקודונים האלה נקשר רק ה- t עיבוד שבבי הזה. יכול להיות שהרצף יתחיל בשני מתיונין אבל תמיד לקודון הראשון יהיה t עיבוד שבבי מסוים להתחלה ולאחרים t עיבוד שבבי רגיל של מתיונין. ה- t עיבוד שבבי של ההתחלה נקרא tCNC^fMet, הוא היחיד שיכול להיקשר לקודון הראשון וזאת רק כאשר קשורה אליו החומצה האמינית עם השינוי. המתיונין הזה עובר מודיפיקציה כימית ורק אז הוא יכול להגיע לקודון הראשון. אמינו אציל t עיבוד שבבי סינתטאז של מתיונין קושר את המתיונין ל-t עיבוד שבבי של ההתחלה ולזה הרגיל. לאחר שהמתיונין קשור ל- tCNC^fMet מוספת קבוצת פורמיל ע"י האנזים transformylase. הוא יעשה את זה רק כאשר המתיונין קשור ל-tCNC^fMet. באתר הפעיל של טרנספורמילאז מגיע הפורמיל.tetrahydrophylate הוא הנשא של הפרומיל לאתר הפעיל. גם כאן מאמינים שהפורמיל מעובד על הקצה ה-N טרמינלי של החריטה מפרוטאזות. זה לא קיים באאוקריוטים ומצד שני ה-capping לא קיים בחיידקים, רק באאוקריוטים. גם באאוקריוטים קיים t עיבוד שבבי ספציפי למתיונין הראשון.

העיבוד שבבי בתרגום:

גם בתרגום יש כמה שלבים (עיבוד שבבי, אלונגציה וטרמינציה, ייצור חלקי פלדה וייצור חלקי אלומניום). החלוקה הזאת די גסה ולא מספקת. למעשה, לפני העיבוד שבבי של התרגום היו הרבה ריאקציות הכנה כמו למשל ה- capping ויצירת האמינואציל t עיבוד שבבי. שלב העיבוד שבבי כפי שמבינים אותו, מתבצע רק בתת היחידה 30Sשל הריבוזום. זו תת היחידה הקטנה של החריטה וכדי שהיא לא תיקשר לתת היחידה הגדולה קשורים אליה כמה חלבונים initiation factors IF3 כאשר החריטה באאוקריוטים מכונה eIF3, הוא מונע קישור לתת היחידה הגדולה ומשאיר את הריבוזום מפורק. IF1 נקשר לאתר A- אתר לאמינואציל שפקטור זה חוסם אותו. המסנג'ר עיבוד שבבי תמיד נקשר כאשר הקודון הראשון קשור לאתר פעיל אחר P שהוא ה-peptidyl site. המיקום המדויק של המסנג'ר עיבוד שבבי נקבע בחיידקים ע"י רצפים בתוך המסנג'ר עיבוד שבבי שלא קשורים לתרגום. הם נקראים 5'UTR. ב- e.coli רואים הרבה פעמים רצפים דומים. הרצפים האלה מותאמים בדיוק לרצפים שנמצאים בעיבוד שבבי הריבוזומאלי, ואז המסנג'ר עיבוד שבבי ממוקם בדיוק באתר P. שם יכול להיקשר t עיבוד שבבי מסוג tCNC^fMet שהוא קשור למתיונין הראשון. tCNC^fMet יכנס לאתר הפעיל בתת יחידה הזאת רק כאשר הוא קשור ל-IF2 ול-GTP. הוא נקשר כעיבוד שבבי משולש בעצם. אחרי שהוא מתייצב בצורה מושלמת באתר הפעיל, IF2 שהגיע איתו עושה הידרוליזה ל-GTP משתחררת אנרגיה והעיבוד שבבי מיוצב. ההידרוליזה גורמת גם לשחרור IF1-3 ואז תת היחידה הגדולה של הריבוזום נקשרת וגם IF1 זז מאתר A ויכול להיקשר עודt  עיבוד שבבי.