מאמר גולש בנושא סי אנ סי

בקרת סי אנ סי:

באאוקריוטים המצב קצת יותר מסובך אבל אלמנטים מרכזיים בריאקציה מאוד דומים. אין פקטורים דרמטים שנכנסים לפעולה. חשוב לזכור שליצירת קשר פפטידי אחד מושקעת הרבה יותר אנרגיה ומנוצלות הרבה יותר מולקולות עתירות אנרגיה מאשר יצירת קשר פוספו-די-אסטרי אחד.

בשנים האחרונות הצליחו לעשות גבישים של ריבוזומים שלמים. המבנה של ריבוזום של חיידקים הוא במשקל מולקולרי של קרוב ל-2.7 מיליון דלטון. אנחנו מניחים שהריבוזומים של הפרוקריוטים דומים.

עיקר העיבוד שבבי של הריבוזום הוא בעצם עיבוד שבבי, החלבונים רק עוטפים אותו בכמה יחידות. כך שבאתר הפעיל עצמו אין חלבונים. הריבוזומים הם מולקולות מאוד מורכבות. תת היחידה 30s מרכיבה רק מולקולת עיבוד שבבי אחת אבל עם עוד 21 חלבונים שונים. זאת לעומת תת היחידה 50sשיש 33 חלבונים שונים שכמה מהם חוזרים אז סה"כ יש 36 חלבונים בתת היחידה הזו. לא מוצאים בכלל חלבוני ריבוזום חופשיים בתמיסה, כבר בתהליך התרגום הם משתייכים לריבוזום וגם שהוא מתפרק זה מתבצע באופן כזה שלא מוצאים חלבוני ריבוזום חופשיים! בין אאוקריוטים לפרוקריוטים הריבוזומים מאוד דומים רק שבאאוקריוטים הם קצת יותר גדולים, סה"כ יש 82 חלבונים בתוך העיבוד שבבי האאוקריוטי. נושא הבנת התרגום יותר פשוט מהבנת השעתוק וזאת בעיקר בגלל שלא מכירים צורה מסיבית של בקרה כמו מתכות, אנהנסרים או עיבוד שבביים. למרות זאת יש את אזור ה-5'UTRשלא מתורגם. כאן מצאו את ההבדל העיקרי ברמת התרגום הבסיסית בין הפרוקריוטים לאאוקריוטים. המסנג'ר עיבוד שבבי האאורקיוטי לא מכיל רצפים אנלוגיים ל-shine-delgarno. אין השלמה לעיבוד שבבי הריבוזומאלי ולכן גם העבודה על זה מאוד קשה כי אין דמיון בין רצפים 5'UTR לרצפים של העיבוד שבבי הריבוזומאלי. לכן ההבנה לגבי התחלת תרגום באאוקריוטים וזיהוי ה-AUG הראשון היא שהריבוזום נקשר ל-cap שנמצא בקצה ה-'5, 7 מתיל גואנין, ומתחיל תהליך של scanning. הריבוזום האאוקריוטי נוסע על גבי המסנג'ר ומתייצב בצורה הזאת שה-AUG נמצא באתר P אבל לא ברור איך זה קורה.

הבדל נוסף, יש בקצה '3 של המסנג'ר האאוקריוטי polyA אליו נקשרים חלבונים ובניהם PAB, לכן חושבים שבאאוקריוטים שני הקצוות של העיבוד שבבי קשורים לריבוזום והוא צריך לנוע עליו. כל התהליך הזה מבוקר, יש תשעה פקטורי עיבוד שבבי באאוקריוטים כאשר חלק מהפעילות של רובם זה זיהוי ה-cap יצירת קישור אליו ובאמצעות זה קישור לריבוזום. אחד מהם נקרא eIF4E שהוא גם קושר cap ונמצא בכמות מוגבלת בתאים. אם יש בקרת תרגום כלשהי היא נעשית עליו דרך קשרי חריטה-חריטה לקשור אותו לאתרים מסוימים שצריכים להיות מתורגמים יותר. עשו כל מני מודיפיקציות על מנת להפוך אותו לפעיל וגילו כל מני תופעות פיזיולוגיות כמו גידולים. הוא גורם די מרכזי בבקרת תרגום אם היא קיימת באופן כללי. מולקולה חשובה אחרת היא eIF4F  ששם נמדדה פעילות אנזימטית של הליקאזות. הוא פותח מבנים כנראה בשלב ה-scannig.

למרות שככל שידוע תהליך הזיהוי של ה-AUG הוא scanning, הבינו שהווירוסים יכולים להכיר מיד את ה-AUG בלי תהליך החיפוש. היום חושבים שיש תהליך נורמאלי שבתנאים מסוימים הריבוזומים נקשרים מיד ל-AUGומזהים קרוב אליו רצף IRES. גם אם הריבוזום נקשר ב-cap ורחוק ממנו יש את ה-AUG בניהם יש 5'UTR ולקראת ה-AUG יש IRES.

הריאקציה הזאת מתרחשת אחרי שנקשרה החומצה האמינית האחרונה, טקנסלוקאז ביצע את הפעילות שלו.